Ancaman Baroque Works juga semakin ditegaskan. Pemimpinnya, Sir Crocodile (Joe Manganiello), merancang Operation Utopia untuk mengguncang Alabasta.
Sementara itu, Nico Robin (Lera Abova) yang dikenal sebagai Miss All Sunday, menjadi tangan kanan Crocodile.
Konflik ini akan berlanjut di musim ketiga dengan kehadiran karakter baru seperti Portgas D. Ace (Xolo Maridueña), Bentham (Bon Clay) (Cole Escola), serta agen lain seperti Miss Doublefinger (Daisy Head) dan Mr. 1 (Awdo Awdo).
Luffy dan Warisan Gol D Roger
Episode kedelapan juga menyoroti kesamaan antara Luffy dan Gol D. Roger, mantan Raja Bajak Laut.
Dr. Kureha menyinggung tentang “Will of D”, yang menandakan bahwa perjalanan Luffy bukan sekadar berburu harta, tetapi juga membawa warisan besar dan tanggung jawab mendalam.
Setelah kemenangan di Drum Island, kru Topi Jerami kini memiliki misi baru, yakni membantu Vivi menyelamatkan Alabasta.
Musim ini ditutup dengan momen emosional ketika Dr. Kureha menembakkan ramuan milik Dr. Hiriluk ke langit, menciptakan hujan bunga sakura merah muda sebagai simbol harapan dan keajaiban bagi Drum Island.