Karier militer Windiyatno sangat membanggakan. Ia pernah menjabat sebagai Dan Unit 2/13/Yon 12 Grup 1 Kopassus dan Dantim 5/3 Yon 41 Grup 4 Kopassus.
Saat berpangkat kapten, ia menjadi Kasipers Grup 3 Kopassus, Danden 1 Yon 31 Grup Kopassus, dan Wadanyon 32 Grup 3 Kopassus.
Setelah itu, ia dipromosikan menjadi perwira menengah Kopassus melalui Dik Seskoad.
Windiyatno kembali ke Kopassus sebagai Dansesandha Pusdikpassus dan Danyon 33 Grup 3 Kopassus.
Ia kemudian dipromosikan menjadi Letnan Kolonel dan menjabat sebagai Pejabat Sementara di salah satu kesatuan strategis, sebelum menjabat sebagai Pabandya Binkarpers Kopassus dan Kapuskopdal Kopassus.
Dari tahun 2010 hingga 2011, ia menjabat sebagai Dandim 0709/Kebumen Korem 072/Pmk, dilanjutkan dengan posisi Waaspers Kasdivif 2/Kostrad dan Danbrigif 13 Galuh/1 Kostrad.
Ketua Forum Peduli Tasik
Saat menjabat sebagai Danbrigif 13 Galuh, Windiyatno yang sudah berpangkat kolonel, terpilih sebagai ketua Forum Peduli Tasik.
Forum ini menggabungkan berbagai pemimpin daerah, perwira Polri, TNI, akademisi, pimpinan bank, BUMN, dan ulama, serta berfokus pada aksi sosial dan pembangunan sumber daya manusia, terutama di kalangan generasi muda Tasikmalaya.
Beberapa jenderal ternama yang pernah memimpin Forum Peduli Tasik antara lain Mayjen TNI Farid Makruf dan Mayjen TNI Bangun Nawoko.
Promosi dan Sepak Terjang Selanjutnya
Karier Windiyatno terus berkembang. Ia menjabat sebagai Asops Kasdam IV/Diponegoro, Danrindam IX/Udayana, dan akhirnya Danrem 064/Maulana Yusuf.
Ia mencapai puncak kariernya dengan dipromosikan menjadi Brigadir Jenderal (Brigjen) sebagai Danmentar Akmil antara tahun 2020 dan 2021.
Setelah itu, ia menjabat sebagai Dirum Pussenif Kodiklatad dan Dirsen Pussenif, kemudian dipromosikan kembali sebagai Dansecapaad, sebelum menjadi Pangdam XIV/Hasanuddin pada 6 Desember 2024, yang meliputi wilayah Provinsi Sulawesi Tenggara, Sulawesi Selatan, dan Sulawesi Barat.