Lalu pada tahun 1958, berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 40 tentang Bendera Kebangsaan Republik Indonesia, bendera tersebut ditetapkan sebagai Bendera Pusaka dan selalu dikibarkan setiap tahun pada tanggal 17 Agustus untuk memperingati hari kemerdekaan di Istana Merdeka.
Pada tahun 1967, setelah Presiden Soekarno digantikan oleh Presiden Soeharto, bendera pusaka masih dikibarkan. Karena kondisi fisiknya terlihat rapuh maka bendera pusaka terakhir dikibarkan di depan Istana Merdeka pada 17 Agustus 1968. Semenjak dikibarkan terakhir tahun 1968 tidak dikibarkan lagi namun digantikan dengan duplikatnya hingga sekarang ini. (*)