Sementara Naik memiliki banyak pengikut dan sangat dihormati oleh banyak Muslim, pandangan dan pernyataannya juga menjadi subyek kontroversi dan kritik dari berbagai pihak.
Beberapa menuduhnya mempromosikan ideologi ekstremis atau membuat pernyataan yang menghasut, yang menyebabkan pelarangan dan pembatasan keterlibatannya berbicara di depan umum di negara-negara tertentu.
Penting untuk dicatat bahwa pendapat tentang Dr. Zakir Naik dapat sangat bervariasi. Namun selama dirinya berada di jalan yang benar, maka hal yang wajib kita lakukan adalah mendukungnya.